Validación del protocolo de análisis de diversidad genética en Leoncillos (Cebuella pygmaea) mediante el uso de marcadores moleculares microsatélites

Abstract

El leoncillo (Cebuella pygmaea), es una de las especies de primates más pequeñas del Ecuador, que actualmente es considerada en la lista del IUCN como una especie vulnerable. El estudio de la diversidad genética resulta fundamental para la conservación y estabilidad de las especies para así garantizar el cuidado y protección de las mismas. Si se utilizan técnicas de muestreo no invasivas (heces, orina, pelo) para el estudio de diversidad genética del leoncillo, este estudio se vuelve crítico ya que el ADN extraído de este tipo de muestras presenta problemas de calidad (degradación, presencia de inhibidores y contaminantes) que dificultan los posteriores análisis moleculares y restan confiabilidad a los resultados. Esto se agrava, si no se cuenta con marcadores específicos para la amplificación de ADN de la especie analizada. El objetivo de la presente investigación fue determinar el número de réplicas de PCR requeridas para asegurar un nivel aceptable de confiabilidad de los resultados obtenidos en muestras de heces de leoncillos como fuente de ADN y primers heterólogos desarrollados para amplificar regiones microsatélites en Callithrix jaccus. Se analizó 35 muestras de heces provenientes de leoncillos del Centro de Rescate Yanacocha en Puyo, se extrajo el ADN y se realizaron varias repeticiones de PCR con cinco pares de primers heterólogos, siguiendo el enfoque de “tubos múltiples”. Se determinó que, el genotipaje incorrecto por la presencia de falsos alelos y la no detección de heterocigotos, es el principal error que se presenta en los estudios con muestras no invasivas. De los cinco marcadores utilizados en este estudio únicamente dos se encuentran dentro de los rangos recomendados en la literatura (CJ11 y CJ14). Los tres restantes no deberían ser utilizados en estudios de diversidad genética para C. pygmaea por el número de repeticiones requeridas para obtener resultados (CJ1, CJ7 y CJ15). Con los resultados obtenidos, se espera poder definir protocolos adecuados para determinar, de manera confiable, la diversidad genética de las poblaciones de leoncillos y con ello definir medidas adecuadas para su conservación y determinar un factor de correspondencia de genotipos que ayude a mejorar el análisis de diversidad genética utilizando el set de primers utilizados en este estudio.