Identificación molecular y microscópica de hongos en suelos antes y después del tratamiento con 1,3 Dicloropropeno y Cloropicrina

Abstract

En este estudio se analizó la diferencia fenotípica en las poblaciones de hongos antes y después de la aplicación de gas biocida 1-3 Dicloropropeno y Cloropicrina, a dos profundidades del perfil del suelo (0-20 y 20-40 cm). Se evaluó también la efectividad de los medios selectivos para el crecimiento de hongos (Papa dextrosa agar PDA, medio V8 y Czapek CZ) mediante la cuantificación de colonias. Para la identificación de los hongos cultivados se utilizó la técnica estándar (microscopía, coloración y claves taxonómicas) y métodos moleculares a base de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y el secuenciamiento del ADN ribosomal. Se encontró que las poblaciones y biodiversidad de hongos en los suelos cambiaron significativamente luego del tratamiento con gas biocida. El medio PDA fue mucho más efectivo para el cultivo de muestras con alta diversidad que los medios V8 y CZ que funcionan solo para ciertas especies. Se extrajo el ADN de 18 muestras, de las cuales 12 rindieron una cantidad suficiente de muestra para la secuenciación. De éstas sólo 5 pudieron ser identificadas con el programa BLAST obteniendo dos especies de hongos: Trichoderma asperellum que no es patógeno y más bien es considerado benéfico para la salud de suelo y Aspergillus niger que es un hongo saprófito degradador de materia orgánica y en algunos casos es un fito-patógeno. Hubieron discrepancias en la identificación microscópica y molecular entre las 4 muestras seleccionadas donde no se obtuvo ADN lo suficientemente puro para la secuenciación. Se deberían repetir estudios de este tipo para mejorar las técnicas de extracción y amplificación de ADN, así como buscar los cambios de biodiversidad de suelo en suelos agrícolas. .