Desarrollo de un ensayo basado en aptámeros para la detección de trombina en sangre

Abstract

La cuantificación y detección de proteínas son herramientas clave para el desarrollo de biociencias, principalmente en los campos relacionados al diagnóstico de enfermedades, proteómica y el desarrollo de kits de diagnóstico. Sin embargo, los métodos actuales de cuantificación de proteínas pueden presentar grandes desventajas cuando son realizados a gran escala, en donde el precio es una limitante. Como solución a estos problemas, en este trabajo proponemos el desarrollo de un ensayo basado en aptámeros para la detección de proteínas en sangre. Este ensayo consiste en la aplicación de un algoritmo computacional para el diseño de un complejo de aptámeros específico para el reconocimiento y detección de una proteína específica en la sangre, que en el caso de este estudio, es la trombina. El complejo aquí diseñado es una molécula formada por dos secuencias de ADN; el aptámero HD1, de unión específica a trombina y la secuencia c-Myc, la cual tiene una estructura G-cuádruplex paralelo que tiene la capacidad de trabajar como un fluoróforo en presencia del pigmento NMM IX. Posterior al diseño computacional, se usó este complejo para desarrollar un Dot Blot que en lugar de usar anticuerpos usa dicho complejo como sonda de reconocimiento. La fluorescencia resultante del pigmento enlazado al complejo de reconocimiento diseñado, es cuantificada a través del cálculo de la densidad integrada de cada spot, y esto ofrece una idea de la cantidad de trombina en la muestra. Este estudio representa los experimentos iniciales para la estandarización de un protocolo que funcionará para la cuantificación de proteínas en sangre, el cual a futuro puede convertirse en una herramienta clave para el diagnóstico de enfermedades.